繼SARS冠狀病毒和MERS冠狀病毒之后，新冠病毒是幾十年來人畜共患型冠狀病毒第三次跨物種感染人類。過去兩次經驗表明，確定中間宿主并不容易。
從蛇、水貂到穿山甲、龜類，新冠病毒中間宿主如同“薛定諤的貓”。有關新冠病毒中間宿主的研究中，穿山甲嫌疑最大。
2月7日，華南農業大學召開新聞發布會，宣布在穿山甲體內發現了β冠狀病毒的序列，與目前感染人的毒株序列相似度高達99%，由此推測其是潛在中間宿主。[3]
研究團隊隨后提交的預印本論文顯示，在全基因組層次上，穿山甲冠狀病毒全組基因與人新冠病毒的同源性為90%。[4]論文作者將這一差異解釋為“生物信息學小組和研究實驗室之間令人尷尬的錯誤溝通”。[5]
論文最令人振奮的結論是，在最為關鍵的刺突蛋白受體結合域上，穿山甲冠狀病毒與新冠病毒僅有一個氨基酸不同。
來自學界的質疑則認為，穿山甲樣本的來源至關重要。“目前尚不清楚宏基因組樣品來自飼養場所還是野外，如果1000份穿山甲樣品僅來自一個特殊的群體，則沒有代表性。”中科院動物所研究員蔣志剛對《中國科學報》表示。[7]
2月21日，香港大學教授管軼團隊提交的預印本論文佐證了這一結論。他們在走私穿山甲組織樣品中發現冠狀病毒，受體結合域的氨基酸序列與人新冠病毒相似性高達97.4%。[6]
另一項研究得到了截然不同的結論。廣東省生物資源應用研究所教授陳金平團隊分析，盡管穿山甲冠狀病毒與新冠病毒、蝙蝠冠狀病毒都有遺傳相關性，但我們不清楚這種穿山甲攜帶冠狀病毒的人畜共患情況，所以不能直接證明穿山甲就是新冠病毒的中間宿主。[8]
此前，陳金平團隊曾在Viruses發表論文，揭示了另一批走私的馬來穿山甲被冠狀病毒感染。[9]
美國貝勒醫學院Joe Petrosino研究團隊則總結，在刺突蛋白的受體結合區域新冠病毒與穿山甲冠狀病毒最像，在全基因組層面又與蝙蝠冠狀病毒RaTG13最像。“這表明，新冠病毒的演化過程中，發生過不止一次的重組，穿山甲只是參與了其中的一環。”該團隊2月13日在BioRxiv上發表的論文中稱。[10]
2月26日，湖北醫學院附屬人民醫院劉龍聯課題組等在《醫學病毒學雜志》上發表的論文指出，采用冠狀病毒刺突蛋白和宿主ACE2受體的組成和差異，預測龜類（西部錦龜、綠海龜、中華鱉）也可能是新冠病毒傳播給人類的潛在中間宿主。[11]
中山大學醫學院院長郭德銀告訴《中國科學報》：“對于新冠病毒從自然界中的某種宿主到中間宿主再到人，科學雖然難以以一種重現的方式去證明，卻可以用確鑿的證據，以完備的邏輯形成證據鏈，去確證結果。”
武漢衛健委發布公告證實，已發現27例與華南海鮮城有關聯的病毒性肺炎病例。不久后，病原檢測結果顯示，這些病例源自一種未知的“新型冠狀病毒”。
病原體的確定，吹響了追蹤“疑犯”的號角。最先被科學家追蹤到的是病毒的起點——蝙蝠。2020年1月23日，中科院武漢病毒所石正麗團隊在預印本網站BioRxiv在線發表論文，指出蝙蝠是最有可能攜帶新冠病毒的野生動物。2月3日，該文在線發表于《自然》雜志。
研究團隊發現，與此前在云南中菊頭蝠上檢測到的蝙蝠冠狀病毒RaTG13相比較，新冠病毒在整個基因組中與其有96.2%的一致性，與SARS冠狀病毒有79.5%的一致性。同時，新冠病毒通過與人體內廣泛分布的蛋白ACE2結合進入細胞，與當年非典病毒的“套路”如出一轍。[1]
這為蝙蝠是新冠病毒的天然宿主提供了強有力的證據，得到了科學界廣泛共識。
爭議同時存在。新冠病毒能否直接從蝙蝠到人？1月31日，華盛頓大學生物信息學專家Trevor Bedford接受《科學》采訪時指出：“RaTG13序列與新冠病毒有近1100個核苷酸的差異。”基于此，專家們認為，這意味著它從蝙蝠到人之間還存在1個或多個中間宿主。
不過，據《第一財經》2月24日報道，美國瓦克斯曼微生物研究所所長Richard Ebright認為，從蝙蝠病毒到人感染的新型冠狀病毒，可能不需要再有中間宿主。
石正麗團隊2018年2月在Virologica Sinica（《中國病毒學：英文版》）上發表的一項實證研究也佐證了這一點。論文稱，在對218名云南居民的采樣調查中，有6人在SARS相關冠狀病毒的檢測中呈陽性。排除其他可能因素后，這項研究提供了蝙蝠SARS相關冠狀病毒可能感染人類的首份血清學證據。[2]
打開蝙蝠的“潘多拉魔盒”后，有沒有中間宿主、又是誰扮演了中間宿主的角色？
國家衛健委高級別專家組組長鐘南山在新聞通氣會上表示，疫情首先出現在中國，不一定是發源在中國。
同時，最新研究表明，繼蛇、穿山甲、水貂之后，龜類也可能是新冠病毒的潛在中間宿主。
有關新冠病毒溯源的新進展源源不斷。然而，它從哪里來？如何到達人類？又為什么是武漢？這些問題迄今沒有答案，病毒溯源仍然深陷迷霧之中。